Le Sméag est un membre actif des Conseils de gestion de biotopes relatifs aux APPB (arrêtés préfectoraux de protection de biotope) concernant la Garonne ; depuis 1993 en Haute-Garonne et depuis 1998 dans le Lot et Garonne. Cela concerne :
- 12 APPB sur les 14 existant en Haute-Garonne avec notamment les biotopes « poissons migrateurs de Garonne » à l’amont et à l’aval de Toulouse
- 2 APPB sur les 4 existants dans le Lot et Garonne
Les APPB émettent des interdictions et de restrictions d’usage dans le but d’assurer la protection des biotopes nécessaires à l’alimentation la reproduction, au repos et à la survie d’espèces protégées telles que saumon, aloses, lamproies, hérons et autres oiseaux d’eau en Garonne.
Les différents arrêtés propres à chaque site désignent chacun un conseil de gestion des biotopes ayant pour mission de veiller à la bonne gestion des biotopes et de donner son avis sur les éventuels travaux à réaliser sur ces sites.
Le conseil gestion des biotopes, présidé par le Préfet comprend au minimum les membres suivants et est souvent élargi à des acteurs spécifiques tel que le Sméag pour la Garonne.
- Préfecture (environnement)
- DDT (police de l’eau, environnement, domaine public fluvial)
- DREAL, Direction Régionale de l’Environnement de l’Aménagement et du Logement (environnement, industrie et recherche)
- ONEMA, office national des eaux et des milieux aquatiques
- Fédération départementale des pêcheurs
- Représentant des associations de protection de la nature et de l’environnement nommé par le préfet (tel que Nature Midi-Pyrénées dans le 31)
- Un conseiller biologiste nommé par le préfet
- Le maire riverain
Ainsi, le conseil de gestion des biotopes est réuni par les préfectures pour donner un avis préalablement à des travaux sur le fleuve intervenant sur des sections classées en APPB. Ce conseil, réuni le plus souvent sur le site des travaux, formule des recommandations d’intervention afin de minimiser les atteintes à l’environnement et donne un avis global au préfet qui formalise l’autorisation de travaux avec des recommandations.
Outre les conseils de gestion de biotopes, le Sméag est régulièrement sollicité sur des projets de travaux sur le lit et les berges du fait de sa connaissance des enjeux du fleuve et de sa production de données spécifiques.
Pour ce faire, le Sméag établi son expertise à partir de documents cadres comme le Schéma Directeur d’Entretien coordonné du lit et des berges, les Documents d’objectifs Natura 2000 Garonne Aquitaine et Midi-Pyrénées, l’étude de dynamique fluviale, les données zones humides acquises, et de sa connaissance globale du fonctionnement et de la règlementation sur le fleuve.