Depuis fin 2004, le réseau MAGEST, constitué de quatre stations représentatives chacune d'une portion du système estuarien Garonne, Dordogne, Gironde, mesure en continu la qualité de l'eau. La station de Portets construite par le Sméag a fonctionné de 2004 à 2012, vu l'extension du bouchon vaseux vers l'amont, elle doit être déplacée vers l'amont à Cadillac.
Ces stations mesurent en continu (une mesure toutes les dix minutes) la température, la salinité, la turbidité et la concentration en oxygène dissous des eaux.